淡水下龙虾属于节肢动物门，体内无脊椎，整个体内分为消化系统、呼吸系统、循环系统、神经系统、排泄系统、生殖系统、肌肉运动系统、内分泌系统等部分。
(1)消化系统淡水小龙虾的消化系统包括口、食道、胃、肠、肝胰脏、直肠、肛门。口开于两大颚之间，后接食道。食道为一短管，后接胃。胃分为贲门胃和幽门胃，贲门胃的胃壁上有钙质齿组成的胃膜，幽门胃的内壁上有许多刚毛。胃囊内，胃外两侧各有一个白色或淡黄色、半圆形、纽扣状的钙质磨石，蜕壳前期和蜕壳期较大，蜕壳问期较小，起着钙质的调节作用。胃后是肠，肠的前段两侧各有一个黄色的、分支状的肝胰脏，肝胰脏有肝管与肠相通。肠的后段细长，位于腹部的背面，其末端为球形的直肠，通肛门，肛门开口于尾节的腹面。
(2)呼吸系统 淡水小龙虾的呼吸系统共有鳃17对，在鳃腔内。其中，7对鳃较粗大，与后两对颚足和五对胸足的基部相连，鳃为三棱形，每棱密布排列许多细小的鳃丝；其他10对鳃细小，薄片状，与鳃壁相连。淡水小龙虾呼吸时，颚足激动水流进入鳃腔，水流经过鳃丝完成气体交换。
(3)循环系统 淡水小龙虾的循环系统包括心脏、血液和血管，是一种开关式循环。心脏在头胸部背面的围心窦中，为半透明、多角形的肌肉囊，有3对心孔，心孔内有防止血液倒流的膜瓣。血管细小，透明。由心脏前行有动脉血管5条，由心脏后行有腹上动脉1条，由心脏下行有胸动脉2条。血液即为体液，是一种透明、非红色的液体。
(4)排泄系统在头部大触角基部内部有一对绿色腺体，腺体后有一膀胱，由排泄管通向大触角基部，并开口于体外。
(5)神经系统 淡水小龙虾的神经系统包括神经节、神经和神经索。神经节主要有脑神经节、食道下神经节等，神经则是连接神经节通向全身。现代研究证实，淡水小龙虾的脑神经干及神经节能够分泌多种神经激素，这些神经激素调控淡水小龙虾的生长、蜕皮及生殖生理过程。
(6)生殖系统 淡水小龙虾雌、雄异体，其雄性生殖系统包括精巢1对，输精管1对及位于第五胸足基部的1对生殖突。其雌性生殖系统包括卵巢1对，输卵管1对，输卵管通向第三对胸足基部的生殖孔。雄性小龙虾的交接器(第一、第二对腹足)及雌性小龙虾的贮精囊虽不属于生殖系统，但在淡水小龙虾的生殖过程中起着非常重要的作用。
(7)肌肉运动系统淡水小龙虾的肌肉运动系统由肌肉和甲壳组成。甲壳又称为外骨骼，起支撑作用，在肌肉的牵动下起着运动的功能。
(8)内分泌系统 目前在许多资料中没有提及到淡水小龙虾有内分泌系统，实际上淡水小龙虾是存在内分泌系统的，只不过它的许多内分泌腺往往与其他结构组合在一起。如上面提到的与脑神经节结合在一起的细胞，能合成和分泌神经激素；淡水小龙虾的眼柄，具有激素分泌细胞，分泌多种调控淡水小龙虾蜕皮和性腺发育的激素；淡水小龙虾的大颚器，能合成一种化学物质——甲基法尼酯，该物质调控淡水小龙虾精卵细胞蛋白的合成和性腺的发育。
